Науково-організаційна робота в Харківському національному університеті Повітряних Сил здійснюється штатним підрозділом управління університету – науково-організаційним відділом.

Науково-організаційний відділ Харківського національного університету Повітряних Сил імені Івана Кожедуба здійснює науково-організаційну діяльність в Університеті і є штатним підрозділом управління Університету.

Свою роботу науково-організаційний відділ здійснює на підставі законів України “Про наукову і науково-технічну діяльність”, “Про вищу освіту”, Положення про організацію наукової і науково-технічної діяльності у Збройних Силах України, інших нормативно-правових актів, що регламентують організацію та проведення наукової і науково-технічної діяльності у вищих навчальних закладах та Збройних Силах України, а також Статутів Збройних Сил України, наказів та директив Міністра оборони України, начальника Генерального штабу – Головнокомандувача Збройних Сил України, командувача та начальника штабу – першого заступника командувача Повітряних Сил Збройних Сил України, суворо і неухильно впроваджує їх у життя.

Історія створення науково-організаційного відділу пов’язана з початком створення університету, коли питання організації науково-дослідної роботи та підготовки науково-педагогічних кадрів були поставлені та обговорені на одному із перших засідань Ради університету. Сьогодні науково-організаційний відділ очолює кандидат технічних наук, старший науковий співробітник підполковник КУРЕНКО Олександр Борисович.

На науково-організаційний відділ покладається методичне, організаційне забезпечення та координація наукової, науково-технічної та науково-педагогічної діяльності у складових:

• перспективне і поточне планування наукової і науково-технічної діяльності в університеті;
• проведення наукових досліджень;
• здійснення наукового супроводження науково-дослідних та дослідно-конструкторських робіт, що виконуються сторонніми установами;
• здійснення супроводження нормативних документів з питань застосування військ (сил) Збройних Сил України;
• здійснення наукової і науково-технічної експертизи;
• підготовка науково-педагогічних і наукових кадрів вищої кваліфікації;
• виконання госпдоговірних робіт та надання платних послуг з наукової і науково-технічної діяльності;
• патентна та винахідницька робота;
• наукова робота курсантів та студентів;
• організація роботи спеціалізованих вчених рад  та координація роботи науково-технічної ради університету;
• організація та проведення наукових заходів в університеті та участі у зовнішніх заходах;
• підтримання зв’язків з науковими установами, вищими навчальними закладами та підприємствами промисловості, що проводять дослідження з оборонної тематики.